Awalnya Kantor Imigrasi Kelas I Khusus Non TPI Jakarta Selatan merupakan bagian dari wilayah kerja Kantor Imigrasi Jakarta Timur yang dibentuk untuk mengakomodir tingginya kebutuhan masyarakat wilayah Jakarta Selatan atas Pelayanan Keimigrasian baik dari Warga Negara Indonesia (WNI) maupun Warga Negara Asing. Pembukaan Kantor Imigrasi Jakarta Selatan juga merupakan upaya peningkatan pelayanan keimigrasian di wilayah DKI Jakarta yang ditetapkan dalam surat Keputusan Menteri Kehakiman Nomor M.03-PR.07.04 Tahun 1991.

Pada Tahun 2006 status kelas Kantor Imigrasi Jakarta Selatan berubah menjadi Kantor Imigrasi Kelas I Khusus sesuai dengan Keputusan Menteri Hukum Dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor: M.01-PR.07.04 Tahun 2006 dengan wilayah kerja meliputi 10 kecamatan yaitu Kebayoran Baru, Kebayoran Lama, Pesanggrahan, Cilandak, Pasar Minggu, Jagakarsa, Mampang Prapatan, Pancoran, Tebet, dan Setiabudi.